Niedergang
Tokugawa einigt Japan
Die letzten Überlebenden hatten sich noch weiter in die Wälder und Berge zurückgezogen oder waren zu anderen Clans in allen Teilen Japans geflohen. Als Oda 1582 in Honnoji ermordet wurde halfen die Ninja unter Hattori Hanzo Nobunagas Verbündetem Tokugawa Ieyasu sicher von Sakai, nahe Osaka zu seiner Burg Okazaki, nahe Nagoya zu gelangen.
Weil sie die gefährliche Honnoji-Gegend meiden mussten, war der einzige Weg durch die Berge von Iga und Koga. Zusammen mit Ninja aus Kōga halfen sie Tokugawa, der 1603 shōgun wurde und dessen Clan Japan für die nächsten 250 Jahre kontrollierte. Einige Familien halfen Tokugawa, aus Freude über Nobunagas Tod, andere weil sie in Tokugawa eine friedliche Zukunft sahen. Ironischerweise war es nicht eine Schlacht, die das Ende der Ninja einläutete, sondern Frieden. Die Ninja halfen Tokugawa noch dabei, die letzten daimyō zu vernichten, die sich den herrschenden Tokugawa widersetzten.
Ninja als Gärtner und Staatspolizei
Weil in Japan wieder Frieden und Ordnung hergestellt waren, waren die Dienste der Ninja nicht länger gefragt. Viele genin und chūnin arbeiteten auf eigene Faust weiter, aber ohne die philosophische Führung der jōnin. Viele der Ninja wurden in die Geheimpolizei des bakufu eingegliedert und halfen dabei den kaiserlichen Hof zu überwachen und die daimyō zu kontrollieren. Sie unterstanden den ometsuke, bakufu-Beamten der Staatspolizei. Andere gingen zum Militär, viele wurden Kriminelle. Zu dieser Zeit konnte man oft ehemalige Ninja anmieten, die aber nur noch Diebe oder Mörder in Ninja-Kleidung waren. Oftmals wurden sie bei Herrschern als Gärtner oder Bedienstete angestellt.
Diese einst tödlichen Einzelkämpfer degenerierten zu Sicherheitsleuten, mit miserabler Bezahlung, und ihr Aufgabenbereich umfasste bald nur noch Türen zu öffnen oder Ziel zu stehen für die jungen Mädchen beim Schneeballwerfen.
Die wenigen Familien, die in den Bergen außerhalb von Kyōto geblieben waren, verbargen sich vor den Tokugawa.
Die letzten Einsätze von Ninja-Kriegern
Nur noch zwei Mal wurden Ninja-Dienste benötigt. Einmal während der Shimabara-Rebellion (1637-38), wo Christen gegen religiösen und wirtschaftliche Unterdrückung rebellierten.
Die letzte Aktivität der Tokugawa-Ninja fand 1853 statt, als dem Ninja Yasusuke Sawamura befohlen wurde sich auf die Schiffe von Flottenadmiral Perry zu schleichen und nach Informationen zu suchen, die die wahren Beweggründe der fremden Barbaren enttarnen sollten.
Im Archiv der Sawamura-Familie in Iga Ueno liegen noch heute zwei Briefe, die ein niederländisches Lied beinhalten, indem über die Qualität der französischen Frauen im Bett und der britischen Frauen in der Küche geschrieben wird.